Tháng 3/1993, Ngài Federico Mayor, tổng giám đốc UNESCO, trong chuyến thăm Việt Nam đã mang theo một sáng kiến quan trọng, đề xuất với chính phủ Việt Nam – đó là khuyến nghị của tổ chức UNESCO về việc cho ra đời tại Việt Nam một tổ chức phi chính phủ mang tên UNESCO. Tổ chức có mục đích phấn đấu cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ tổ quốc Việt Nam theo lý tưởng hòa bình cao quý và các tiêu chí tiến bộ của UNESCO. Sáng kiến đó đã được chính phủ Việt Nam hoan nghênh và đón nhận.

Ngày 03/8/1993, Thủ tướng chính phủ Việt Nam đã ký quyết định số 397/TTg cho ra đời Hiệp Hội Câu Lạc Bộ UNESCO Việt Nam. Từ ngày 6/10/1993 Hiệp hội đã chính thức đi vào hoạt động bằng Đại hội sáng lập với sự tham gia của khoảng 150 sáng lập viên cá nhân và tập thể bao gồm các cơ quan nghiên cứu khoa học, các đơn vị hoạt động nghệ thuật, các nhà khoa học, nghệ sĩ, nhà giáo, các nhà hoạt động xã hội Việt Nam.

Sau đó Hiệp Hội CLB UNESCO Việt Nam đã được đổi tên thành Liên hiệp các Hội UNESCO Việt Nam theo quyết định số 544/QĐ-BNV ngày 01/4/2009 của Bộ Nội Vụ cho tới ngày nay.

Hơn 28 năm đồng hành cùng đất nước, Liên hiệp các hội UNESCO Việt Nam đã trải qua những chặng đường không ít khó khăn, thăng trầm, nhưng đó là hành trình nỗ lực không ngừng nghỉ và đã đạt được những thành tựu đáng tự hào. Từ Đại hội sáng lập năm 1993 với khoảng 150 sáng lập viên, đến Đại hội đại biểu toàn quốc lần nhiệm kỳ VI vào tháng 11/ 2020 vừa qua, dù trong điều kiện hạn chế do đại dịch Covid-19, chúng ta vẫn được chứng kiến gần 400 đại biểu từ các đơn vị trên toàn quốc về tham dự – là đại diện cho 13.000 hội viên chính thức và hơn 150.000 người thường xuyên tham gia các hoạt động của Liên hiệp, hơn 100 tổ chức thành viên của Liên hiệp trên cả nước.

Liên hiệp đã vinh dự được Đảng và Chính phủ ghi nhận công lao đóng góp cho đất nước, được Thủ tướng chính phủ tặng bằng khen và bốn lần trao tặng Huân chương lao động. Trong đó, lần gần nhất – tại Đại Hội nhiệm kỳ VI vừa qua, Đảng và Nhà nước đã tặng thưởng Huân Chương Lao Động Hạng Nhất cho Liên Hiệp vì thành tích đóng góp cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ đất nước Việt Nam. Đồng thời, nhiều đơn vị, cá nhân trong Liên hiệp đã được nhận Bằng khen của Thủ tướng và Bộ trưởng Bộ Ngoại giao trao tặng.